מדרשת בית שאן נוסדה בשנת תשנ"ג (1993), מתוך רצון לקחת חלק בתנופת הפיתוח החינוכית והחברתית באזור.

בין מטרות המדרשה: לעסוק בהעמקת הזהות היהודית ולהוות קורת גג לדו-שיח בין זרמים ורבדים שונים בעם.

פעילות המדרשה מאופיינת בתוכניות ייחודיות המשלבות בתוכן למידה ועשייה, ופותחות בפני הלומד את תרבות ישראל ומקורותיה מן התנ"ך ועד ימינו אלה.

תחומי פעילות המדרשה:

• פעילות לגיל הרך.
• פעילות לבתי"ס יסודיים.
• פעילות לבתי"ס על יסודיים.
• פעילות למבוגרים.
• פעילות לאוכלוסיות מיוחדות.
• פעילות לציבור הרחב.