מדרשת בית שאן נוסדה בשנת תשנ"ג (1993), מתוך רצון לקחת חלק בתנופת הפיתוח החינוכית והחברתית באזור.
בין מטרות המדרשה: לעסוק בהעמקת הזהות היהודית ולהוות קורת גג לדו-שיח בין זרמים ורבדים שונים בעם.
פעילות המדרשה מאופיינת בתוכניות ייחודיות המשלבות בתוכן למידה ועשייה, ופותחות בפני הלומד את תרבות ישראל ומקורותיה מן התנ"ך ועד ימינו אלה.
תחומי פעילות המדרשה: