מדרשת בית שמש הוקמה בשנת 2000 במטרה להעמיק ולהעשיר את ערכי היהדות בעיר. המדרשה מציעה מגוון תוכניות לתלמידים, לנוער ולקהילה הרחבה. המדרשה פועלת בקרב מוסדות חינוך בעיר ומתמקדת בהעמקת ערכים יהודיים, בעזרה לקליטת עליה, בתמיכה בתלמידים בסיכון ובחיזוק הזיקה למורשת האזור.