"מדרשת הדרום" הוקמה בשנת 1982 בחולות גוש קטיף ובשנות היותה בגוש עסקה בהדרכות טיולים ,בשבועות עבודה ובסמניריונים.
לאחר עקירת חבל קטיף הוקמה המדרשה במושב שקף שבחבל לכיש באופן זמני ובימים אלו החלה הקמת מבנה הקבע של המדרשה ( הכולל אכסניה, משרדים וכו') בישוב נטע שבחבל מזרח לכיש.
המדרשה עסוקה בארגון והדרכת טיולים בנגב,מישור החוף,שפלת מדבר יהודה וירושלים
ובהפקות וסדנאות שטח חוויתיות-חינוכיות.
הפעילות מיועדת למגוון קבוצות מהאוכלוסייה הישראלית בגלאים שונים .