המדרשה לידע המקדש פועלת מזה כעשרים שנה כזרוע החינוכית של מכון המקדש.
המדרשה מתמחה בכל הקשור לתוכניות בעיניני ירושלים ובית המקדש.
המדרשה מפעילה ימי עיון הרצאות , הצגות, סדנאות, הפעלות וכו'
במסגרת פעילויותיה המגוונות, פועלת המדרשה בבתי ספר ובקהילה וכן בתערוכת כלי המקדש ברובע היהודי בירושלים.