מדרשת נצרים הוקמה כמלכ"ר בשנת התשנ"ב (1992) ומאז מתמקדת בפיתוח תוכניות חינוכיות ובהעברתן באכסניית המדרשה ובמקומות רבים בכל הארץ.
התוכניות מועברות בדרכים יצירתיות וכוללות: ימי עיון, סיורים מודרכים בנגב המערבי, סדנאות, הרצאות, הצגות חינוכיות, הפעלת בני נוער בימי עבודה בחקלאות ועוד...
קהל היעד הנהנה מפעילות המדרשה מגוון ביותר וכולל תלמידי חטיבות ביניים, תיכונים, ישיבות, אולפנות, תנועות נוער, מרכזי תרבות, מושבים וקיבוצים . בין לקוחות המדרשה: צה"ל, הסוכנות היהודית, קק"ל ועוד...
תהליך פיתוח התוכניות מתבצע ע"י צוותי חשיבה בסיוע אנשי מקצוע תוך כדי לימוד והשקעה רבה. צוות המדרשה מקפיד לחדש את התוכניות החינוכיות מידי שנה, זאת על מנת לשמור על יצירתיות, רמת פעילות גבוהה, חדשנות ורעננות מתמדת. ברשות המדרשה מכשירים אור קוליים ומכשירי שמע איכותיים ומגוונים לטובת ההפעלות השונות. במרפ"ד המדרשה ספריה עשירה, חומרי גלם וציוד מקצועי ואיכותי.
מדרשת נצרים ממשיכה עם קהילת בני נצרים שפונו מגוש קטיף למשימה נוספת של הקמת יישוב בחולות חלוצה בנגב. האתר הזמני בו שוכנת המדרשה יחד עם תושבי נצרים הוא במושב יבול עד למעבר ליישוב הקבע בחלוצה.
המדרשה רואה ערך גדול בהבאת קבוצות מטיילים לנגב המערבי ולהתיישבות החדשה בחלוצה, ובכך לחשוף את החברה הישראלית והתיירים לעשייה הציונית של הפרחת השממה והקמת ישובים בארץ ישראל בעת הזאת. לשמחתנו, הניסיון מלמד כי כל המטיילים חוזרים נפעמים מהסיור באזור ומהמפגש עם התושבים.
במקביל, ממשיכה המדרשה בפיתוח התוכניות החינוכיות ובהעברתן בכל הארץ מאילת בדרום ועד חיספין בצפון. בישוב הקבע בחלוצה ייבנה בית הארחה ברמה גבוהה , ובכך למשוך קבוצות רבות לאזור שייהנו מהתוכניות החינוכיות של המדרשה, ומהקסם המדברי השוכן במקום ובאנשיו.
