"מכון המקדש" עוסק בהשבת נושא "בית המקדש" לחזית המחשבה היהודית ובקידום העיסוק היומיומי בנושא זה.
במסגרת זו, בין השאר, שוחזרו במכון רבים מכלי המקדש והם מוצגים לציבור בתערוכת המכון בירושלים. המכון גם פועל לקרב את מושגי המקדש ולהמחישם כך שיהיו מובנים יותר.לצורך כך נבנה במכון דגם מדויק של בית המקדש וכן צוירו על ידי אמנים ידועי שם ציורי שמן מרהיבים המתארים את חיי המקדש.
המכון רואה חשיבות עליונה בכך שיותר ויותר יהודים יעסקו בלימוד ובעשייה בעניינים הקשורים למקדש מתוך תפיסה שהמקדש הוא מרכז החיים היהודיים ומהווה קשר חי בין עם ישראל לאביו שבשמים.לצורך מימוש שאיפות אלו מעודד המכון את המודעות לנושא המקדש בכל שכבות עם ישראל בארץ ובעולם באמצעות פעילויות חינוכיות מגוונות.
